Съхраняването и нагряването на пчелния мед са неизбежни етапи от технологията. Медът се предлага целогодишно на пазара и понякога се налага да се съхранява продължително време.
Нагряването се използува, за да се втечни кристализиралият мед преди разфасовката, да се ускори филтруването (отстраняването на чуждите примеси), да се предотвратят кристализацията и ферментацията и т. н. При тези процеси настъпват сложни биохимични и физико-химични процеси, в резултат на които съществено се изменя съставът на меда.
При съхраняването се засягат до най-голяма степен въглехидратите, но и почти всички други компоненти. Под действие на инвертазата протичат същите процеси както при преработването на нектара в мед, макар и със значително по-ниска скорост. В основни линии те се състоят в продължаване на разграждането на захарозата дб глюкоза и фруктоза, като същевременно се синтезират и по-висши захари. Поради различните методи за анализ, видове мед и условия на съхранение резултатите, получени от много автори, не съвпадат напълно. Въпреки това обобщението на данните показва, че количеството на редуциращите захари се увеличава, а на захарозата намалява. Отношението Ф/Г нараства.
При изследване промените в състава на акациевия мед установихме, че редуциращите захари се увеличават средно с 4,49% за 4 месеца, съдържанието на захароза намалява с 44,15% по отношение на първоначалното количество, а Ф/Г нараства от 1,39 до 1,44. Измененията в количеството на въглехидратите зависят до голяма степен от първоначалното им съдържание в меда и от условията на съхранение (преди всичко от температурата). Те са толкова по- значителни, колкото е по-високо първоначалното количество на захарозата и по-ниско на редуциращите захари. Оптималната температура за действие на инвертазата е 25—35° С. При понижаване на температурата скоростта на биохимичните процеси намалява и при 0° С въглехидратите почти не се променят.
При съхранението се увеличават стойностите на отрицателната оптична активност, а на киселинността — незначително вероятно поради ензимното продуциране на киселини.
Съхранението на меда е придружено и с намаляване на активността на ензимите. Върху степента на инактивиране на ензимите влияят редица фактори, но най-голямо значение имат температурата и продължителността на съхранението. Установено е, че при по-високо водно съдържание и по-ниски стойности на активна киселинност (pH) намаляването на ензимната активност е по-голямо. Поради това измененията са различни за всяка индивидуална проба мед.
Съхраняването при температура 25° С довежда до най-голямо инактивиране на ензимите, а при 0° С активността им се запазва почти постоянна. Всеобщо е схващането, че при съхраняване на меда се увеличава количеството на хидроксиметилфурфуролът в резултат на разграждането на фруктозата под действие на киселините. В зависимост от вида на меда за 1—2 години ХМФ може да достигне до 3 mg%. При по-висока температура ХМФ се натрупва с по-голяма скорост. Количеството на образувания ХМФ зависи от общата киселинност, pH, произхода на меда, първоначалното количество, минералните вещества (особено желязото) и т. н. Инхибиновата активност (антибактерийното действие) на пчелния мед също намалява.