Думата прополис според едни автори произхожда от гръците думи pro (пред, за) и polis (град), т. е. за защита на града (или кошера), а според други — от думата propoliso, която на гръцки или на латински означава замазвам, заглаждам.
Има две теории за произхода на прополиса. От древността до началото на XX век се е смятало, че пчелите го събират от смолистите вещества, отделящи се от пъпките на различните растения — главно тополата, върбата, брезата, кестена. През 1907 г. Кюстенмахер въз основа на своите изследвания прави заключение, че пчелите не събират прополиса в готов вид от растенията, а го изработват от цветния прашец.
Според него в обвивката на поленовите зърна се съдържа голямо количество „балсам“. При приготвянето на храната на личинките в медовото стомахче на пчелите обвивката на прашеца се разрушава, балсамът се освобождава и се отделя от пчелите по стените на кошера, след което се използува за приготвяне на прополис. Едни от главните аргументи на Кюстенмахер са били тези, че максималното събиране на прополис съвпада с най-голямото събиране на прашец. Прополис се събира и в райони, където няма дървесна растителност.
Напоследък много изследователи установиха, че много компоненти, открити в прополиса, се съдържат в клеистото вещество, отделящо се от пъпките на тополата и върбата, но не се съдържат в цветния прашец. Освен това и много други факти не съответствуват на предположенията и на изводите на Кюстенмахер. Например устройството на медовото стомахче на пчелите не позволява да се отделят балсамите от другите компоненти на прашеца. Най-голямо количество прополис се събира през лятото и есента, когато практически има много малко цъфтяща растителност, респ. прашец.
Правдоподобността на теорията на Кюстенмахер се дължи на факта, че вероятността да се наблюдават пчели, събиращи прополис от пъпките на дърветата, е много малка. Според изчисленията на Поправко (1976) в едно пчелно семейство със събиране на прополис са заети едновременно само около 30 пчели. Като се имат предвид големият брой пъпки на едно дърво и голямата площ, посещавана от пчелите в семейството, лесно обяснима е невъзможността да се наблюдава визуално този процес дори при наличие на 50—60 семейства на тази площ.
Сега е общоприето, че пчелите събират прополис от пъпките на растенията, като основният довод за това е сходството в състава и в биологичните свойства на този продукт и на смолистите вещества, отделящи се от пъпките.
Има и някои компромисни схващания за произхода на прополиса. Според Филипс (1928) в кошера има два вида прополис. Първият вид се образува от прашеца и служи за полиране на килийките преди снасянето на яйца от майката. Вторият вид произхожда от смолистите вещества на пъпките и се използува за замазване на пукнатините в кошера, за закрепване на питите и др. Изследванията обаче показват, че прополисът в кошера има един и същ състав. По този начин е отхвърлена хипотезата за двойния произход на пчелния клей.