Като продукт от животински произход медът се характе­ризира с наличие на специфична микрофлора (микроорганиз­ми). Микрофлората бива първична — винаги се съдържа в ме­да — и случайна, или вторична — попада в меда при техноло­гичните процеси и при съхраняването. Съставът на микрофло­рата зависи от особеностите на химичния състав на меда. Пчел­ният мед е среда, физико-химичните свойства на която пречат за развитието на микроорганизмите. Голямото количество за­хари са причина за високото осмотично налягане, което пречи на размножаването на микроорганизмите. При захарни кон­центрации над 20% микроорганизмите не се размножават. Един­ствено осмофилните дрожди при определени условия (водно съ­държание над 20%) могат да се размножават в меда и да пре­дизвикват ферментационни процеси. Киселинността на меда, от друга страна, възпрепятствува размножаването на повечето бак­терии, с изключение на ацидофилните, които се срещат много рядко. Дори ако при добиването в меда има хетерогенна микро­флора, тя бързо изчезва при съхранението. В меда има осмофилни дрожди, спори на низши гъби от вид Aspergillus niger и спори на бактерии от вид Pumilus и Сеreus. Съдържащите се в меда осмофилни дрожди спадат към род Saccharomyces, към който принадлежат над 30 вида. Осмо­филиите дрожди в меда най-често се отнасят към вид Saccharo- myces bisporus (var. mellis), Saccharomyces rouxii и Saccharo- myces bailii. Основни източници на тези дрожди са нектарът, почвата, пчелите и въздухът. Количеството на дрождите в ме­да варира в широки граници — от 1 до 100 000 спори в 10 g мед. Най-голямо е количеството им в мед с повишена влажност. При определени благоприятни условия тези дрожди се размно­жават и предизвикват ферментация на меда. Ферментационни­те процеси са свързани с броя на дрождите в единица обем и с водното съдържание. Ако съдържанието на вода е под 17,1%, медът не ферментира независимо от количеството на дрождите, при влажност от 17,1 до 18,0% не ферментира, ако дрождите са по-малко от 10 в 1 g. Съдържание на вода над 20% почти винаги води към ферментация. Кристализиралият, разслоен в два слоя мед ферментира по-често поради повишено водно съ­държание в горния течен слой. Голямо значение за развитието на дрождите има количество­то на пепелта и на азота в меда. Мановият мед, който съдър­жа повече соли, азот и дрожди от нектарния, ферментира по- често. Температурата при съхранение също влияе върху фер­ментационните процеси. Осмофилните дрожди не се развиват при температура под 11 и над 27° С. Трябва да се избягва съ­хранение на меда при температура от 11 до 21° С, която е бла­гоприятна също и за кристализацията на меда. За да се пред­пази медът от ферментация, дрождите се унищожават най-често при загряване при температура 63° С в продължение на 30 min.